經典制度經濟學理論的兩大邏輯，在交易結構不斷創新的時代均受到了很大挑戰。

 　　在經典制度經濟學理論的核心邏輯中，有兩個邏輯是值得注意的：

 　　 第一，業務交易關系決定治理交易關系。以威廉姆森為例，他認為：交易發生的頻率、交易的不確定性程度和種類以及資產專用性條件，會影響一個交易是所有權交易還是非所有權交易。

 　　第二，所有權最好由某一類利益主體擁有。其代表是亨利·漢斯曼，在代表作《企業所有權論》中，亨利·漢斯曼通過比較不同利益主體的治理交易成本（所有權交易的成本、市場交易的成本，其中“市場交易”對應前文我們定義治理交易關系中的“非所有權治理交易關系”），確定應該由哪一類利益主體作為企業組織的所有者，換言之，是在合作社（其他要素合伙制）與公司（資本合伙制）之間選擇。

 　　 第一個邏輯中，我們需要對業務交易關系和治理交易關系做一個區分和分析。業務關系對應具體交易，對應現期收益；治理關系對應組織，對應未來盈利能力，這就給分離處理業務交易關系和治理交易關系奠定了基礎。如何分離，我們不妨來看一個例子：

 　　 傳統的蛋糕企業經常有以下痛點：

第一，員工之間協作效率不高；

第二，水電、原料浪費很高；

第三，如果質量出現問題，很難檢查出來，即使檢查出來也很難對其罰款。

 　　某蛋糕生產企業讓員工組成協作小組，企業只跟發起的小組長交易，首先采取計件工資（業務關系），結果在較短時間之內，小組就找到了彼此合作的方式，分工專業化，流水線精細管理，生產率提高了一倍。

 　　第二步，由于要根據完成的件數來計酬，因此每個蛋糕都打上二維碼，可以知道每道工序是誰完成的，如果在后面工序發現前面工序的問題，直接扣除對這個工序的計酬，省去了質檢人員。

 　　 第三步，每個小組有獨立的工作臺，匹配獨立的水表和電表，按照歷史數據供應水電流量，剩下來的部分，小組承擔大頭，企業承擔小頭；物料也是如此。浪費大大減少。

 　　第四步，這些小組獨立為個體戶，企業和他們之間進行訂單交易（治理關系），這樣企業省去了五險一金，而這部分，實際上員工是不看重的，因為他們不大可能在大城市里養老。

 　　從這個例子我們可以看出，業務交易關系和治理交易關系并不必然要有對應關系。原因在于，威廉姆森的理論有兩個潛在前提：第一，資本是核心生產要素；第二，所有權只考慮核心生產要素，并不考慮非核心生產要素。因此我們會發現，交易發生的頻率、交易的不確定性程度和種類以及資產專用性條件，講的都是資本的屬性（威廉姆森也講人力資源的資產專用性，但其隱含的假定是與設備一樣，資本所有者擁有人力資源的剩余所有權）。而以上的例子，核心生產要素除了資本，還有勞動力。由于勞動力主要面向交易，因此用業務交易關系解決；資本主要面向組織，用治理交易關系解決。

 　　 第二個邏輯中，亨利·漢斯曼的假設是只有一類利益主體（主要是為了利益方向的同質性）可以獲得企業所有權，而且一般來說剩余控制權和剩余收益權是一致的。這個邏輯在交易結構不斷創新的時代，也受到了很大挑戰。一方面，事業合伙人的出現是一種創新，使企業的所有權可以由多類利益主體分配；另一方面，剩余控制權和剩余收益權也可以不一致，通過公司章程或設置同股不同權，都有可能實現這一點。以京東上市時為例，劉強東擁有18.8%的股權。IPO之后，劉強東持有京東20.5%的股份，全部為B類股，根據京東AB股投票權1比20的設置，劉強東擁有京東83.7%的投票權，仍然牢牢地掌握著京東的發展方向。

 　　 如果有多類利益主體，可以采取多重治理結構，在每一重治理結構中，都保持利益主體的同質性。例如典型的投資基金一般采取兩層合伙人結構，有限合伙人(LP, Limited Partner)負責出資，普通合伙人(GP, General Partner)負責投資管理，這是控制權的分配；收益上，普通合伙人收取基金總額2%的管理費，加上投資收益20%的分成，這是收益權的分配。這里，普通合伙人是同質的一類利益主體，有限合伙人是同質的另一類利益主體。

 　　 這些都是這個交易結構創新所賦予這個商業時代的新思想、新邏輯。